Joanna była trzecim dzieckiem Królów Katolickich i początkowo nic nie wskazywało na to, by miała kiedykolwiek dziedziczyć korony hiszpańskie: Kastylię i Aragonię, jako że wieku dorosłego dożyli jej starszy brat i siostra i oboje zawarli związki małżeńskie. Jednak w roku 1497 zmarł jedyny brat Niespełna rok później jej starsza siostra Izabela, która wyszła za króla Portugalii, zmarła również w połogu. Jej jedyny syn Miguel da Paz został następcą tronu portugalskiego i kastylijskiego. Jednak młodziutki książę przeżył tylko dwa lata i zmarł już w 1500 roku. Tym sposobem następczynią obydwu koron Królów Katolickich została Joanna, która od roku 1496 była żoną Filipa Pięknego z dynastii Habsburgów, z którym doczekała się zdrowego potomstwa.Joanny, Jan z Asturii, a jego młodziutka żona, która była wówczas w ciąży, niedługo potem urodziła martwą córkę.
Sama Joanna była jednak niezrównoważona psychicznie, a ambicje polityczne jej męża dobrze były znane na dworze kastylijskim. Dlatego coraz bardziej schorowana matka Joanny, Izabela chciała by po jej śmierci w imieniu Joanny Kastylią nadal mógł rządzić jej mąż Ferdynand, a nie habsburski zięć.Ten plan początkowo nie powiódł się - po jej śmierci w 1504 szlachta kastylijska odmówiła poparcia Ferdynandowi (nie miał on szerszych praw do Kastylii, którą współrządził tylko dzięki małżeństwu z Izabelą) i oddała władzę w ręce Joanny, a de facto w ręce jej męża, Filipa. Gdy młoda para wylądowała w Hiszpanii, garnęła się do niej licznie szlachta opuszczając dwór Ferdynanda. Stary król po nieudanych pertraktacjach z zięciem wycofał się do swej dziedzicznej Aragonii[1]. Wkrótce jednak śmierć znów zmieniła układ sił w królestwach hiszpańskich: w 1506 roku zmarł niespodziewanie na tyfus Filip Piękny, co spotęgowało
